商标马德里国际注册和单一国家商标注册是有区别的，从商标保护方面来看，单一国家商标注册的方式只在单个国家受到保护，如果要在其他国家也受到保护，那么必须要逐一进行申请。而马德里商标的保护，只要是在马德里成员国内的都可以受到保护，即：受到多个国家的保护。

商标保护只是两者其中的一种区别，其实两者之间的区别主要表现在四个方面。商标马德里国际注册与单一国家商标注册的不同点：

1.审查时间不同:“马德里注册”把商标申请的审查约定在一年半之内，如果自注册日之日起一年半内，申请人没收到各国知识产权主管机关的相关的商标驳回书面通知，那么，该商标即在该国获得注册。“逐一国家注册”的商标申请审查时间因各国情况不同而不同，时间从 3个月到2、3年不等。

2.获得注册后取得的法律文件不同:“马德里注册”自申请后半年左右时间可以收到世界知识产权组织的签发的官方文件，相当于受理文件，之后直至商标获得注册，各国不再颁发任何注册证明。如果需要，申请人可以根据需要向已注册国申请“提供商标国际注册证明”，此类申请通常费用比注册费低，时间比较快。向世界上大多数国家申请“逐一国家注册”，都可以获得注册证明文件。

3.申请费用不同：相对于大部分国家的“逐一国家注册”，“马德里注册”的官方收费优惠得多。至于代理费，因为一件“马德里注册”可以包含几十个国家的申请，一般我们只收取一笔代理费，这样平均下来各国的代理费非常低。“逐一国家注册”每个国家的收费都包括官方注册费，当地律师费和我们的代理费。

4.申请条件不同：“马德里注册”申请时要求申请人提供：国内注册证复印件，或国内初审公告复印件，或国内申请受理文件复印件。

“逐一国家注册”只有几个国家要求必须有国内注册，大多数国家可以不必以国内注册为基础去申请。在顺利注册的情况下，采用马德里商标国际注册可以节省一定费用;但是，马德里商标国际注册不能进行在先冲突商标的查询，如果由于在某国存在在先近似或相同商标而被驳回，那么在该国的商标注册权利就会丧失，已交注册费也不会退回;其次，由于各国的商标审查准则有一定的差异而在申请前又未能进行在先查询和相关咨询，所以在实质审查过程中，遇到临时驳回的几率要比单国注册高，并且在遇到临时驳回后，申请人必须在规定的期限内委托该国的商标代理机构办理答复，相应会产生一定的费用;再次，马德里商标国际注册必须基于一定的国内基础注册;最后，采用马德里商标国际注册，仅有国际局核发商标国际注册证明而没有证明商标权利的注册证(在各国维权或在国内申请各项补贴时都要求提供注册证或注册证明，而在各国开注册证明需委托当地代理机构办理，需交纳相应费用)。　　在顺利注册的情况下，采用单国注册所需的费用比马德里商标国际注册的费用要高一些;但是，采用单国注册可以进行在先冲突商标查询，避免因在先权利 的存在导致商标申请的驳回。