商标注册和商标使用在含义、目的和效果上存在明显的区别。

含义：
商标注册是指商标所有人为了取得商标专用权，将其使用的商标，依照国家规定的注册条件、原则和程序，向商标局提出注册申请，商标局经过审核，准予注册的法律事实。简而言之，商标注册是商标所有人通过法定程序向商标局申请并获得商标专用权的过程。
商标的使用则是指商标所有人或经其许可的人，在经营活动中将商标用于商品、商品包装或者容器上，或者用于服务以及与服务有关的物件上，用于识别商品或服务来源的行为。商标的使用是商标在商业活动中的实际运用。
目的：
商标注册的主要目的是为了获得商标专用权，使商标注册人能够享有在核定使用的商品或服务上排他性地使用其商标的权利，并受到法律的保护。
商标的使用则是为了标识商品或服务的来源，使消费者能够区分不同生产者或经营者提供的商品或服务，同时也是为了维护商标所有人的商业信誉和品牌形象。
效果：
商标注册成功后，商标注册人将享有商标专用权，并受到法律的保护。如果他人未经许可擅自使用相同或相似的商标，商标注册人可以依法追究其法律责任。
商标的使用则是商标在商业活动中的实际运用，它可以使消费者识别商品或服务的来源，并产生与商标所有人的关联。如果商标使用不当或存在侵权行为，可能会损害商标所有人的商业信誉和品牌形象，甚至面临法律纠纷。
总的来说，商标注册是商标所有人获得商标专用权的前提和条件，而商标的使用则是商标在商业活动中的实际运用。两者在含义、目的和效果上有所不同，但都是商标保护的重要组成部分。